@article { author = {Eftekharmanavi, Shadi and Peyghan, Rahim and Soltani, Mehdi and Ghorbanpor, Masoud and Ghalyanchi Langrodi, Arash}, title = {Multi-aspect molecular and stractural bioinformatic study of outer membrane protein (OmpTS) of Aeromonas hydrophila common cause of infectious septicemia in fish for immunization goals}, journal = {Journal of Animal Environment}, volume = {8}, number = {1}, pages = {165-174}, year = {2016}, publisher = {Shil Amayesh Consulting Engineering Company}, issn = {2717-1388}, eissn = {2717-1396}, doi = {}, abstract = {Aeromonas hydrophila, a mobile gram-negative bacteria, is widely considered as an opportunistic and zoonotic bacteria of warm-water fish pathogens. The high incidence of fish mortalities, economic losses, and bacterial resistance have highlighted the need to develop new strategies such as vaccination for prevention and treatment against A.hydrophila. In regards to recent studies, OmpTS a virulence factor located in outer membrane of A.hydrophila. Due to importance of bacterial septicemia, molecular and stractural bioinformatic study of OmpTS to immunization of fish is neccessary. In this study, A.hydrophila isolated from the kidney of infectious Acipenser persicus were examined by biochemical tests e.g. Oxidase, Catalase, TSI, SIM, Asculin, Nitrate and Sugar tests. Dedicated primers were designed based on OmpTS gene, then PCR products were used for DNA sequencing. Finally, the phylogenetic tree and protein structures (first, second and third) were prepared for further information about structure and characteristic of OmpTS. Biochemical tests and DNA sequencing confirmed A.hydrophila isolated from the kidney of infectious Acipenser persicus. Based on phylogenetic tree reports, OmpTS of A.hydrophilasis more similar to A.aquariorumand lessto A.diversa. Structural analysis of OmpTS indicated its stability under laboratory handling conditions. In addition, active sites of OmpTS was attributed to the sequence between 102-340 amino acids. Adequate preventive measures in order to avoid the serious consequences of water infections especially with gram-negative bacteria should be employed in Aquaculture industry. On the other hand there are no bioinformatic data on the OmpTS. Our results demonstrated that OmpTS gene can be potentiated to immunization of fish against A.hydrophila infection.}, keywords = {Acipencer persicus,Aeromonas hydrophila,OmpTS,Bioinformatic study}, title_fa = {مطالعه بیوانفورماتیکی چندجانبه مولکولی و ساختاری پروتئین غشای خارجی (OmpTS) باکتری آئروموناس هیدروفیلاعامل بیماری سپتی سمی عفونی در ماهی در جهت اهداف ایمن سازی}, abstract_fa = {باکتری آئروموناس هیدروفیلا یک باکتری گرم منفی و متحرک است که به‌عنوان یک پاتوژن فرصت‌طلب و زئونوز در ماهیان گرمابی مطرح است. وقوع میزان بالای مرگ و میر در ماهیان، خسارات اقتصادی و مقاومت باکتریایی از عوامل اصلی پیدایش روش‌ های جدید مانند واکسیناسیون علیه آئروموناس هیدروفیلا محسوب می‌ شوند. با توجه به مطالعات اخیر پروتئین غشای خارجی OmpTS فاکتور حدت باکتری آئروموناس هیدروفیلابوده و نظر به اهمیت سپتی‌ سمی ‌های باکتریایی ناشی از آئروموناس هیدروفیلا بررسی بیوانفورماتیکی و ساختاری این پروتئین در راستای ایمن‌سازی ماهی ضروری به‌نظر می‌ رسد. در این مطالعه باکتری آئروموناس هیدروفیلا جدا شده از کلیه تاس‌ماهی ایرانی (Acipenser persicus) بیمار با استفاده از آزمایش ‌های بیوشیمیایی  از جمله اکسیداز، کاتالاز، TSI، SIM، آسکولین، نیترات و هیدرولیز قند‌ها، مورد بررسی قرار گرفته و یک جفت پرایمر اختصاصی از OmpTS طراحی شده و محصول واکنش زنجیره‌ ای پلیمراز جهت تایید تعیین توالی گردید. به‌ منظور دسترسی به اطلاعات بیش ‌تر در مورد ساختار و خصوصیات این پروتئین درخت تکاملی و ساختار‌های این پروتئین (اول، دوم و سوم) رسم گردیدند. آزمایش ‌های بیوشیمیایی و تعیین توالی محصول PCR موید باکتری آئروموناس هیدروفیلا جدا شده از کلیه تاس‌ ماهی ایرانی بوده و براساس درخت تکاملی OmpTS باکتری آئروموناس هیدروفیلا بیش ‌ترین شباهت را به A. aquariorum و کم‌ ترین شباهت را به A. diversa دارد. بررسی‌ های ساختاری OmpTS بیان‌ گر پایداری این پروتئین درشرایط آزمایشگاهی می ‌باشد. به علاوه جایگاه ‌های فعال این پروتئین بین اسیدآمینه ‌های 340-102 می ‌باشد. پیش ‌گیری مناسب برای جلوگیری از وقوع عفونت‌ ها خصوصاً عفونت‌ های باکتریایی گرم منفی در صنعت آبزی پروری ضروری بوده از طرفی مطالعه ‌ای در زمینه بیوانفورماتیکی بر روی OmpTS صورت نگرفته ولی با توجه به نتایج حاصل از این مطالعه، پروتئین غشای خارجی OmpTS کاندید مناسبی برای ایمن‌ سازی ماهی علیه آئروموناس هیدروفیلا مطرح است.  }, keywords_fa = {تاس ماهی ایرانی,آئروموناس هیدروفیلا,پروتئین غشای خارجی OmpTS,مطالعه بیوانفورماتیک}, url = {http://www.aejournal.ir/article_16148.html}, eprint = {http://www.aejournal.ir/article_16148_031337df746145676a1cc671b8c1d313.pdf} }