بررسی ژنتیک جمعیت، فیلوژنی و تعیین خط شناسه DNA در لاک پشت سبز (Chelonia mydas) دریای عمان، سواحل استان سیستان و بلوچستان

نوع مقاله : مقاله پژوهشی

نویسندگان

1 گروه زیست شناسی دریا، دانشکده منابع طبیعی و محیط زیست، واحد واحد علوم و تحقیقات تهران، دانشگاه آزاد اسلامی، تهران، ایران

2 گروه انگل شناسی، دانشگاه علوم پزشکی زاهدان، زاهدان، ایران

10.22034/aej.2020.126433

چکیده

در گذشته از صفات مورفولوژیکی برای طبقه ­بندی موجودات استفاده می­ کردند، اما امروزه استفاده از نشانگرهای مولکولی به ­دلیل مزیت ­هایی که دارد مورد توجه قرار گرفته است. نشانگرهای میتوکندریایی یکی از بهترین گزینه ­ها در بررسی روابط فیلوژنتیک است. در این مطالعه 10 نمونه از لاک پشت دریایی سبز از سه منطقه چابهار 4 نمونه، گواتر 3 نمونه و کنارک  3 نمونه در استان سیستان و بلوچستان جمع ­آوری شد. پس از استخراج DNA با استفاده از کیت استخراج و هم ­چنین روش استخراج استات آمونیوم، نمونه ­ها از قطعه ژنی mtDNA و COI توالی­ یابی شدند. توالی ­ها به ­کمک نرم ­افزارهای MEGA، Bioedit و Arlequin بررسی شدند. نتایج نشان داد که براساس آنالیز فیلوژنتیکی جمعیت مورد مطالعه، نمونه ­ها در سه جمعیت قرار گرفتند. میانگین کلی فاصله در میان جمعیت براساس P-distance برابر با 0/18 بود. نتایج کلاستال دابلیو نشان داد که بیش ­ترین تفاوت میان توالی­ ها مربوط به ابتدا و انتهای توالی است. میزان تنوع هاپلوئیدی صفر بود. هم ­چنین تعداد محل ­های پلی­ مورفیک برابر با صفر بود که نشان می­ دهد تفاوت به اندازه ­ای نبوده که اشتقاق گونه انجام شود. هیچ نوترکیبی در توالی ­ها رخ نداده که با ماهیت ناحیه مورد بررسی هم­ خوانی داشته باشد. نتایج حاصل از این مطالعه را می ­توان در بررسی تنوع ژنتیکی لاک ­پشت ­های سبز دریایی در شرایط متفاوت جغرافیایی مورد استفاده قرار داد. هم ­چنین در مدیریت جمعیت این گونه، جلوگیری از انقراض آن و در تهیه یک بانک ژنی مناسب برای شناسایی این گونه به کمک تکنیک­ های مولکولی به ­ویژه در مواردی که فقط تخم یا بافت این گونه موجود است نیز می ­تواند یک راهکار مناسب باشد.

کلیدواژه‌ها


افشاریان، ا.؛ نصیریان، م.؛ ابراهیمی، ا. و جوادمنش، ع.، 1386. بررسی تنوع ژنتیکی گاندو، تمساح پوزه کوتاه ایرانی Crocodylus Palustris)) با استفاده از توالی­ یابی نواحی D-loop و Cyt b میتوکندری. مجله بیوتکنولوژی کشاورزی. دوره 9، شماره 4، صفحات 17 تا 38.
صفایی، ن. و مهدیزاده، و.، 1392. آموزش نرم ­افزارهای آنالیز فیلوژنتیکی و ژنتیک جمعیت. تهران، انتشارات سازمان آموزش، تحقیقات و ترویج کشاورزی. 242 صفحه.
صمدی، س.، 1393.  بررسی مورفولوژیک، فیلوژنی و تعیین خط شناسه DNA سخت­ پوستان ده پا شاخص و تجاری خلیج فارس و دریای عمان. پایان­ نامه دکتری رشته زیست ­شناسی دریا. دانشکده منابع طبیعی و محیط زیست. دانشگاه آزاد اسلامی واحد علوم و تحقیقات تهران.
طبیب، م.، 1393. بررسی خصوصیات تولیدمثلی لاک ­پشت منقار عقابی در سواحل جزیره کیش. نشریه پژوهش­ های جانوری. جلد 27، شماره 3، صفحات 377 تا 385.
فریلند، ج. 1389. بوم شناسی مولکولی. ترجمه ملکیان، م.، مشهد، انتشارات جهاد دانشگاهی. چاپ دوم. 304 صفحه.
قوام ­مصطفوی، پ.؛ شهنواز، ش.؛ نوروزی، م.؛ فاطمی، س.م.ر. و شاه ­حسینی، م.، 1389. بررسی ژنتیکی لاک ­پشت منقار عقابی جزایر هنگام، هرمز و نخیلو در خلیج فارس با استفاده از نشانگرهای ریز ماهواره. فصلنامه محیط زیست جانوری. دوره 2، شماره 4، صفحات 43 تا 48.
لقمانی، م.، 1396. خصوصیات زیستی لاک ­پشت سبز، گونه در خطر انقراض و تخم گذار در سواحل جنوبی ایران. فصلنامه انسان و محیط زیست. دوره 15، شماره 4، صفحات 99 تا 110.
مهدیزاده، و.؛ نساج­ حسینی، م.؛ صفایی، ن. و سعیدی، ع.، 1392. راهنمای کاربردی NCBI با ارائه آخرین تغییرات وبگاه NCBI. تهران، انتشارات سازمان آموزش، تحقیقات و ترویج کشاورزی. 186 صفحه.
نساج ­حسینی،م. و شمس ­بخش، م.، 1389. روش ­های آنالیز فیلوژنتیکی. رشت، انتشارات حق ­شناس. 248 صفحه. 
Ardura, A.; Linde, A.R.; Moreira, J.C. and Garcia Vazquez, E., 2010. DNA barcoding for conservation and management of Amazonian commercial fish. Biological Conservation. Vol. 143, pp: 1438-1443.
Asensio, G.L., 2007. PCR-based methods for fish and fishery products authentication. Trends in Food Science and Technology. Vol. 18, pp: 558-566.
Avise, J.C. and Ball Jr, R.M., 1990. Principles of genelogical concordance in species concepts and biological taxonomy. Oxford Survey of Evolutionary Biology. Vol. 7, pp: 45-67.
Balakrishnan, R., 2004. Species Concepts, Species Boundaries and Species Identification: A View from the Tropics. Syst. Biol. Vol. 54, No. 4, pp: 689-693.
Blaxter, M.L., 2004. The promise of a DNA taxonomy. Phil. Trans. Royal Society of London. B. Vol. 359, pp: 669-679.
Bowen, B.W.; Meylan, A.B.; Ross, J.P.; Limpus, C.J.; Balazs, G.H. and Avise, J.C., 1992. Global population structure and natural history of the green turtle (Chelonia mydas) in terms of matriarchal phylogeny. Evolution. International Journal of Organic Evolution. Vol. 4, pp: 865-881.
Dawkins, R., 1976. The selfish gene. Oxford, New York: Oxford University Press.
Hebert, P.D.N.; Cywinska, A.; Ball, S.L. and deWaard, J.R., 2003. Biological identifications through DNA barcodes. Proceedings of the Royal Society of London. B. Vol. 270, pp: 313-321.
Lemey, P.; Salemi, M. and Vandamme, A.M., 2009. The phylogenetic handbook: a practical approach to phylogenetic analysis and hypothesis testing, Cambridge. University Press Cambridge. Vol. 25, pp:120-125.
Spotila, J., 2004. Sea Turtles: A Complete Guide to their Biology, Behavior, and Conservation. Baltimore, MD: Johns Hopkins University Press. Vol. 3, pp: 260-271.