ایجاد بانک ژن و تعیین فاصله ژنتیکی میگوهای بومی خلیج فارس و دریای عمان

نوع مقاله : مقاله پژوهشی

نویسندگان

1 پژوهشکده اکولوژی خلیج فارس و دریای عمان، موسسه تحقیقات علوم شیلاتی کشور، سازمان تحقیقات، ترویج و آموزش کشاورزی، بندر عباس، ایران

2 ایستگاه تحقیقاتی نرم‌تنان خلیج فارس، پژوهشکده اکولوژی خلیج فارس و دریای عمان، موسسه تحقیقات علوم شیلاتی کشور، سازمان تحقیقات ، ترویج و آموزش کشاورزی، بندر لنگه، ایران

3 گروه زیست شناسی، دانشگاه پیام نور، تهران، ایران

4 مرکز تحقیقات شیلاتی آب های دور، وسسه تحقیقات علوم شیلاتی کشور، سازمان تحقیقات، ترویج و آموزش کشاورزی، چابهار، ایران

چکیده

 وضعیت بحرانی زیستگاه و هم ­چنین آلودگی ­های نفتی حاصل از آب توازن نفتکش ­ها و هم­ چنین پساب مزارع پرورش میگو هم اینک موجب سرعت افول و انقراض ارگانیسم­ های زنده شده و گونه­ های مهم و اقتصادی منطقه را در خطر انقراض قرار داده است. از این ­رو ایجاد بانک ­های ژنومی از موجودات زنده در راستای نگه ­داری نسخه­ هایی از ژنوم ذخایر ارزشمند ژنتیکی از آبزیان مهم می­ باشد. در این مطالعه به امکان ایجاد بانک ژن و شناسایی ژنتیکی 4 گونه مهم از میگوهای منطقه خلیج فارس (P.semisulcatus ،P.indicus ،P.merguiensis و P. monodon) پرداخته شد. نمونه­ برداری از مناطق بوشهر، جاسـک، گواتر و هرمز که مهم ­ترین زیـستگاه­ های گونه ­های مورد مطالعه می‌ باشد به ­روش ترال کف در مهر ماه سال 96 انجام گرفت. استخراج DNA کل با استفاده از روش فنل کلروفورم انجام گردید. پس از توالی ­یابی ژن 16 SrRNA میزان فاصله ژنتیکی بین توالی­ های به ­دست آمده سنجیده شد. نتایج نشان داد توالی­ هایی از دو مورفوتایپ از گونه ببری سبز متعلق به مناطق بوشهر و هرمزگان  دارای اختلاف ژنتیکی قابل ملاحظه­ ای در حدود 0/03 درصد بودند. این میزان اختلاف تمایز این دو مورفوتایپ را در کلادهای مورد بررسی تایید نمود. بیش ­ترین فاصله ژنتیکی در میان گونه­ های خانواده پناییده بین گونه ­های P. merguiensis و P. monodon به ­میزان 12 درصد و کم­ ترین فاصله ژنتیکی بین گونه­ های P. indicus و P. monodon به­ میزان 10 درصد ثبت گردید.

کلیدواژه‌ها


  1. کشاورزی، ف.، 1392. بررسی تنوع ژنتیکی میگوی موزی Fenneropenaeus merguiensis در خوریات لافت و سیریک با استفاده از توالی ­یابی ژن 16SrRNA میتوکندریایی. پایان­ نامه کارشناسی ­ارشد شیلات، دانشگاه هرمزگان. 76 صفحه.
  2. Ardura, A.; Ana Rosa, L.; Josino, C.M. and Vazquez, E.G., 2010. DNA barcoding for conservation and management of Amazonian commercial fish. Biological Conservation. Vol. 143, pp: 1438-1443.
  3. Baldwin, J.D.; Bass, A.L.; Bowen, B.W. and Clark, W.C., 1998. Molecular phylogeny and biogeography of the marine shrimp Penaeus. Molecular Phylogenetics and Evolution. Vol. 10, pp: 399-407.
  4. Bandelt, H.; Forster, P. and Röhl, A., 1999. Median‐joining networks for inferring intraspecific phylogenies. Molecular Biology and Evolution. Vol. 16, pp: 37- 48.
  5. Brown, R.P.; Terrasa, B.; Pérez-Mellado, V.; Castro, J.A.; Hoskisson, P.A.; Picornell, A. and Ramon, M.M., 2008. Bayesian estimation of post-Messinian divergence times in alearic Island lizards. Molecular Phylogenetics. Vol. 48, pp: 350-358.
  6. Dunham, R.A., 2004. Aquaculture and fisheries biotechnology Genetic Approaches. CABI Publishing, University of Auburn. Cambridge, MA 02139. 385 p.
  7. Eaton, M.J.; Meyers, G.L.; Kolokotronis, S.O.; Leslie, M.S.; Martin, A.P. and Amato, G., 2009. Barcoding bushmeat: molecular identification of Central African and South American harvested vertebrates. Conservation Genetics.
  8. Garcia-Machado, E.; Dennebouy, N. and Suarez, M.O., 1993. Mitochondrial 16s-rRNA gene of two species of shrimps: Sequence variability and secondary structure. Crustaceana. Vol. 65, No. 3, pp: 279-286.
  9. Garcia, S. and Reset, L.L., 1981. Life cycles, dynamics, exploitation and management of coastal penaeid shrimp stock. FAO Fishery Technical Report. pp: 203-215.
  10. Hillis, D.M. and Moritz, C., 1990. Molcular taxonomi. Sinauer associate, Inc. Publishers. Massachusetts.
  11. Khamnamtong, B.; Klinbunga, S. and Menasveta, P., 2009. Genetic Diversity and Geographic Differentiation of the Gaint Tiger shrimp (Penaeus monodon) in Thailand Analyzed by mithochondrial COI sequencs. Biochem Genet. Vol. 47, pp: 42-55.
  12. Kimura, M., 1980. A simple method for estimating evolutionary rate of base substitutions through comparative studies of nucleotide sequences. Journal of Molecular Evolution. Vol. 16, pp: 111-120.
  13. Maggioni, R.; Rogers, A.D. and Maclean, N., 2003. Population structure of Litopenaeus schmitti (Decapoda: Penaeidae) from Brazilian coast identified using six polymorphic microsatellite loci. Molecular Ecology. Vol. 12, pp: 3213-3217.
  14. May, B., 2003. Allozyme variation. In: Population Genetics: Principles and Applications for Fisheries Scientists, edited by EM Hallerman. American Fisheries Society, Bethesda, MD. pp: 23-36.
  15. Meyer, A., 1994. DNA technology and phylogeny of fish. Chapman & Hall, London. pp: 220-290.
  16. Niamaimandi, N., 2006. Bio-Dynamics and Life Cycle of Shrimp (Penaeus semisulcatus), in Bushehr Coastal Waters of the Persian Gulf. PhD thesis, Universiti Putra Malaysia.
  17. Page, R.D.M. and Holmes, E.C., 1998. Molecular Evolution: A Phylogenetic Approach. Blackwell Scientific Publications, Oxford.
  18. Palumbi, S.R. and Benzie, J., 1991. Large mitochondrial DNA differences between morphologically similar Penaeid shrimp. Molecular Marine Biology and Biotechnology. Vol. 1, pp: 27-34.
  19. Shaw, P.W.; Turan, C.; Wright, J.M.; O’connell, M. and Carvalho, G.R., 1999. Microsatellite DNA analysis of population structure in Atlantic herring (Clupea harengus), with direct comparison to allozyme and mtDNA RFLP analysis. Heredity. Vol. 83, pp: 490-499.
  20. Simon, C.; Franke, A. and Martin, A., 1991. The polymerase chain reaction: DNA extraction and amplification Molecular Techniques in Taxonomy in: de Francisco, A.K. and Galetti Junior, P.M., 2005. Genetic distance between broodstocks of the marine shrimp Litopenaeus vannamei (Decapoda, Penaeidae) by mtDNA analyses. Genetics and Molecular Biology. Vol. 28, No. 2, pp: 258-261.
  21. Taggart, J.B.; Hynes, R.A.; Prodohal, P.A. and Ferguson, A., 1992. A simplified protocol for routine total DNA isolation from salmonid fishes. Journal of Fish Biology. Vol. 40, pp: 963-965.
  22. Tjensvoll, K.; Hodneland, K.; Nilsen, F. and Nylund, A., 2005. Genetic characterization of the mitochondrial DNA from Lepeophtheirus salmonis Crustacea; Copepoda. A new gene organization revealed. Gene.  Vol. 3532, pp: 218-230.
  23. Tsoi, K.H.; Wang, Z.Y. and Chu, K.H., 2005. Genetic divergence between two morphologically similar varieties of the kuruma shrimp Penaeus japonicas. Marine Biology. Vol. 147, pp: 367-379.
  24. Wanna, W.; Rolland, J.L.; Boahomme, F. and Phongdara, A., 2004. Population genetic structure of Penaeus merguiensis in Thailand based on nuclear DNA variation. Journal of Experimental Marine Biology. Vol. 311, pp: 63-78.