بررسی مقدماتی ساختار ژنتیکی جمعیت میگوی سرتیز (Metapenaeus affinis) در آب های شمال خلیج فارس به روش توالی یابی ژن 16S rRNA

نوع مقاله : تنوع زیستی

نویسندگان

1 گروه شیلات، دانشکده علوم و فنون دریایی و جوی، دانشگاه هرمزگان، بندرعباس، صندوق پستی: 3995

2 بخش ژنتیک، پژوهشکده اکولوژی خلیج فارس و دریای عمان، بندرعباس، صندوق پستی: 1597

چکیده

با توجه به اهمیت میگوی سرتیز (Metapenaeus affinis) در چرخه صیادی خلیجفارس، بررسی مقدماتی ساختار ژنتیکی جمعیت این گونه با توالییابی ژن میتوکندریایی 16S rRNA انجام شد. تعداد 18 قطعه میگو از سه منطقه بندرعباس، بوشهر و خوزستان جمعآوری و پس از استخراج DNA با روش فنل-کلروفرم، بهینهسازی واکنش PCR جهت تکثیر ژن 16S rRNA انجام شد. بیش‌ ترین مقدار فاصله ژنتیکی، بین جمعیت بندرعباس و خوزستان (0/750) و کم ‌ترین مقدار فاصله ژنتیکی بین مناطق بوشهر و خوزستان (0/105-) به ‌دست آمد. در سطح احتمال 0/05 تفاوت جمعیت میگوی سرتیز منطقه بندرعباس با دو منطقه بوشهر و خوزستان معنی‌ دار بود ولی این تفاوت جمعیتی بین بوشهر و خوزستان با یکدیگر معنی‌ دار نبود که توسط آزمون تفاوت جمعیت در داخل جمعیت ‌ها نیز مورد تأیید قرار گرفت. میانگین آزمون ‌های بی‌ طرفی تاجیما و شاخص Fu's FS برای 18 توالی بین مناطق به ‌ترتیب  0/823- و 1/181 محاسبه شد که هیچ ‌کدام از دو شاخص از لحاظ آماری معنی‌دار نبودند (0/05<p). درخت‌ های رسم شده جدایی جمعیتی منطقه بندرعباس را از دو منطقه دیگر نشان دادند که این فرضیه نیازمند آزمون‌ های تکمیلی با تعداد نمونه بیش‌تر و آنالیز سایر ژن‌ های میتوکندریایی و ژنومی می‌ باشد.

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

Primary study of genetic structure of Jinga shrimp (Metapenaeus affinis) population in northern Persian Gulf waters by 16S rRNA gene sequencing

نویسندگان [English]

  • Fatemeh Shahrani Korani 1
  • Iman Sourinejad 1
  • Saeid Tamadoni Jahromi 2
  • Arash Akbarzadeh 1
1 Department of Fisheries, Faculty of Marine and Atmospheric Science and Technology, University of Hormozgan, P.O.Box: 3995, Bandar Abbas, Iran
2 Department of Genetics, Persian Gulf and Oman Sea Research Center, P.O.Box: 1597, Bandar Abbas, Iran
چکیده [English]

Regarding the importance of Jinga shrimp (Metapenaeus affinis) in shrimp catch cycle in the Persian Gulf, primary study of genetic structure of this species population was considered by sequencing of mitochondrial 16S rRNA gene. A number of 18 shrimps were collected from the regions of Bandar Abbas, Bushehr and Khuzestan and after DNA extraction using phenol-chloroform method, the PCR for amplification of 16S rRNA was optimized. The maximum amount of F- statistic parameter was 0.750 calculated between samples of Bandar Abbas and Khuzestan and the minimum amount was -0.105 between the samples of Bushehr and Khuzestan. At probability level of 0.05, population differentiation was significant between Bandar Abbas and two other regions of Bushehr and Khuzestan but not significant between the regions of Bushehr and Khuzestan, which was confirmed by test of exact p values within populations. Mean values of Tajima’s D and Fu’s Fs between the regions for the 18 sequences were -0.823 and 1.181, respectively that were not statistically significant. Phylogenetic trees showed the differentiation of Bandar Abbas population from the two other regions but this hypothesis needs supplementary investigations with more samples as well as by analyzing other mitochondrial and genomic markers.

کلیدواژه‌ها [English]

  • sequencing
  • Population structure
  • Persian Gulf
  • 16S rRNA
  • Metapenaeus affinis