روش ساده و کارا برای جداسازی DNA ژنومیک از بافت های کهنه میگو ببری سبز( Penaeus semisulcatus)، مناسب برای PCR معکوس

نوع مقاله : ژنتیک

نویسندگان

1 گروه زیست فناوری دریا، دانشکده علوم و فنون دریایی، دانشگاه خلیج فارس، بوشهر

2 گروه بیوتکنولوژی، پژوهشکده خلیج فارس، دانشگاه خلیج فارس، بوشهر

3 گروه علوم سلولی و مولکولی، دانشکده علوم پایه، دانشگاه خلیج فارس، بوشهر

چکیده

انتخاب روش مناسب جهت استخراجDNA  سالم و دست‌ نخورده از بافت‌ هایی که مدت طولانی در الکل نگه ‌داری شده ‌اند، نقش مهمی در موفقیت آنالیزهای مولکولی دارد. هدف از این مطالعه، بهینه ‌سازی یک روش ساده، تکرار پذیر، ایمن و قابل اعتماد جهت استخراج DNA ژنومیک با کیفیت از بافت‌ های قدیمی ماهیچه ‌ای میگو ببری سبز ( Penaeus semisulcatus ) بود. از مهم ‌ترین مزایای این روش، پودر نمودن بافت در هاون چینی پس از خشک کردن در درجه حرارت 40 درجه سانتی‌ گراد، عدم استفاده از نیتروژن مایع جهت پودر کردن بافت و کاهش زمان استخراج تا حدود 5 ساعت بود. به ‌دلیل این که موفقیت در واکنش PCR معکوس، به‌ شدت وابسته به کیفیتDNA  الگو است، جداسازی بخشی از ژن بتا اکتین با استفاده از این واکنش، جهت ارزیابی کیفیتDNA  استخراج شده، مورد توجه قرار گرفت. موفقیت در تکثیر و تعیین توالی بخشی از ژن بتا اکتین میگو ببری سبز، حاکی از آن است که DNA حاصل از این روش از کیفیت لازم جهت واکنش فوق برخوردار است. با توجه به موفقیت‌ آمیز بودن واکنش PCR معکوس، DNA حاصل از این روش را می‌ توان با موفقیت جهت انجام سایر مطالعات مولکولی از قبیل AFLP، RFLP و تکثیر قطعات بلند که نیازمند DNA با کیفیت است، به ‌عنوان الگو مورد استفاده قرار داد.

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

A simple and efficient protocol for isolation of genomic DNA from shrimps’ old tissues of Green Tiger Shrimp,Penaeus semisulcatus: Suitable for Inverse PCR

نویسندگان [English]

  • Navid Tahanzadeh 1
  • Seyed Javad Hosseini 2
  • Roya Alizadeh 3
  • Fariba Gholami Dashti 3
  • Mohammad Nazarian 3
1 Department of Marine Biotechnology, School of Marine Science and Technology, University of Persian Gulf, Bushehr
2 Department of Biotechnology, Institute of Persian Gulf, Persian Gulf University, Bushehr
3 Department of Cell and Molecular Biology, Faculty of Science, University of Persian Gulf, Bushehr
چکیده [English]

The selection of an appropriate protocol for intact DNA extraction from shrimps’  old tissues that have been preserved in alcohol for a long time  has an important role in the success of molecular biology analysis. The aim of current study was to optimize a simple, reproducible, safe and reliable protocol for quality genomic DNA extraction from old muscular tissues of Green Tiger Shrimp, Penaeus semisulcatus. The main advantages of this procedure involved Pulverizing the tissue in a mortar after being dried in  40 ° C Temperature,   avoiding the use of  liquid nitrogen for tissue pulverization  and the reducing ot extraction time to 5 hr. Because the success Inverse PCRis highly dependent on the quality of DNA temolate, the isolation of a part of beta actine gene using this reaction for the evaluation of the quality of the extracted DNA was considered.  Success of amplification and sequencing of the beta actin gene of the Green Tiger Shrimp indicated that the resulting DNA from this procedure had necessary for this reaction. Regarding the success of the Invers PCR  the resulting DNA from this protocol can be successfully used as a template in other molecular studies such as AFLP, RFLP and the amplification of long fragments which require quality DNA.

کلیدواژه‌ها [English]

  • DNA isolation
  • Old tissues
  • Powder
  • Green Tiger Shrimp
  • Penaeus semisulcatus