فیلوژنی مولکولی Vetigastropoda براساس ژن های میتوکندریایی COI و S rRNA16

نوع مقاله : سیستماتیک جانوری

نویسندگان

1 گروه تنوع زیستی و ایمنی زیستی، پژوهشکده محیط زیست و توسعه پایدار، سازمان حفاظت محیط زیست

2 گروه بیولوژی دریا، دانشکده علوم دریایی و اقیانوسی، دانشگاه علوم و فنون دریایی خرمشهر

3 گروه زیست شناسی دریا، دانشکده علوم و فنون دریایی، دانشگاه دانشگاه آزاد اسلامی واحد تهران شمال، صندوق پستی: 181- 19735

4 گروه زیست شناسی، دانشکده علوم زیستی، واحد ورامین- پیشوا، دانشگاه آزاد اسلامی ورامین، ایران

چکیده

       در این پژوهش روابط فیلوژنی بین گونه ­های کلاد Vetigastropoda در آب­ های ساحلی خلیج فارس مورد بررسی قرار گرفت. بدین منظور از ژن ­های میتوکندریایی COI و S rRNA16 استفاده شد. نمونه ­برداری در سال ­های 1392 و 1393 در سواحل صخره­ای شمال خلیج­فارس انجام گرفتو نمونه ­ها مورد شناسایی مورفولوژیک قرار گرفتند. سپس مراحل استخراج DNA، تکثیر قطعه ژنی زیر واحد I سیتوکروم اکسیداز (COI) و S rRNA16 و توالی­یابی انجام شد. در مجموع تعداد 9 توالی COI و 5 توالی S rRNA16 متعلق به 5 گونه از این کلاد به ­دستآمد که این توالی ­ها برای اولینبار از منطقه شمالی خلیج ­فارس گزارش شده است.آنالیزهایفیلوژنی با استفاده از نرم ­افزارهای MEGA6، PAUP و BEAST و با رسم درخت­ های فیلوژنی Maximum Likelihood، Maximum Parsimony و Bayesian صورت گرفت. نتایج نشان داد کلاد Vetigastropoda که از نظر رده ­بندی سنتی خانواده ­های Trochidae، Chilodontidae، Turbinidae و Fissurellidae از این مطالعه را، شامل می ­شود، مونوفیلتیک نمی ­باشد. به این ترتیب که گونه ­های متعلق به خانواده­ های Trochidae و Chilodontidae در یک کلاد مجزا از گونه ­های متعلق به دو خانواده Turbinidae و Fissurellidae قرار گرفتند. این مطلب نشان دهنده رابطه غیرخواهری میان این دو گروه بوده که بیانگر تفاوت بین دیدگاه رده ­بندی سنتی و رده ­بندی مولکولی است.

کلیدواژه‌ها


حسین ­زاده ­صحافی، ه.؛ دقوقی، ب. و رامشی، ح.، 1379. اطلس نرم تنان خلیج فارس. موسسه تحقیقات شیلات ایران. 
Bosch, D.; Dance, S.P.; Moolenbeek, R. and Oliver, P.G., 1995. Seashells of Eastern Arabia Motivate Publishing. pp: 24-186.
Collin, R., 2003. Phylogenetic relationships among calyptraeid gastropods and their implications for the biogeography of speciation. Systematic Biology. Vol. 52, No. 5, pp: 618-640.
Donald, K.M.; Kennedy, M. and Spencer, G.S., 2005. Cladogenesis as the result of long-distance rafting events in South Pacific Topshells (Gastropoda, Trochidae). Evolution. Vol. 59, No. 8, pp: 1701-1711.
Drummond, A.J.; Suchard, M.A.; Xie, D. and Rambaut, A., 2012. Bayesian phylogenetics with BEAUti and the BEAST 1.7 MolecularBiologyandEvolution. Vol. 29, pp: 1969-1973.
Elpidio, A.R. and Hebert, P.D.N., 2003. Testing the utility of partial COI sequences for phylogenetic estimates of gastropod relationships. Molecular Phylogenetics and Evolution. Vol. 29, pp: 641-647.
Folmer, O.; Black, M.; Hoeh, W.; Lutz, R. and Vrijenhoek, R., 1994. DNA primers for amplification of mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I from diverse metazoan invertebrates. Molecular Marine Biology and Biotechnology. Vol. 3, pp: 294-299.
Frey, M. and Vermeij, G.J., 2008. Molecular phylogenies and historical biogeography of a circumtropical group of gastropods: implications for regional diversity patterns in the marine tropics. Mol. Phyl. Evol. Vol. 48, pp: 1067-1086.
Geiger, D.L. and Thacker, C.R., 2005. Molecular phylogeny of Vetigastropoda reveals non-monophyletic Scissurellidae, Trochoidea, and Fissurelloidea. Moll Res. Vol. 25, pp: 47-55.
Haase, M. and Zielske, S., 2015.  Molecular phylogeny and a modified approach of character-based barcoding refining the taxonomy of New Caledonian freshwater gastropods. Molecular Phylogenetics and Evolution. Vol. 89, pp: 171-181.
Jones, D.A., 1986. A field guide to the sea shores of Kuwait and the Persian Gulf. University of Kuwait Blandford Press, Poole, Kuwait. 192 p.
Kano, Y., 2008. Vetigastropod phylogeny and a new concept of Seguenzioidea: independent evolution of copulatory organs in the deep-sea habitats. Zoologica Scripta. Vol. 37, pp: 1-21.
Knudsen, B.; Knudsen, T.; Flensborg, M.; Sandmann, H.; Heltzen, M.; Andersen, A.; Dickenson, M.; Bardram, J.; Steffensen, P.J.; Mønsted, S.; Lauritzen, T.; Forsberg, R.; Thanbichler, A.; Bendtsen, J.D.; Görlitz, L.; Rasmussen, J.; Tordrup, D.; Værum, M.; Ravn, M.N.; Hachenberg, C.; Fisker, E.; Dekker, P.; de Meza, J.; Hein, A.M.K.; Sinding, J.B.; Quorning, J.; Hvam, K.; Mikkelsen, S.; Liboriussen, P.; Grydholt, J.; Handberg, H.; Bundgaard, M.; Joecker, A.; Simonsen, M.; Nielsen, P.R.L.; Joecker, A.; Fleischer, P.;Jakobsen,J.;Juul,S.;Appelt,U.;Fejes,A.and Christensen,A.S.,2012. CLC sequence viewer, 6.7.1. CLC bio.
Larsson, A., 2014. AliView: a fast and lightweight alignment viewer and editor for large datasets, Bioinformatics. Vol. 30, No. 22, pp: 3276-3278.
Layton, K.; Martel, A.L. and Hebert, P.D.N., 2014. Patterns of DNA Barcode Variation in Canadian Marine Molluscs. PLoS One. Vol. 9, No. 4, pp: 1-9.
Lemey, P.; Salemi, M. and Vandamme, A.M., 2009. The Phylogenetic Handbook a Practical Approach to Phylogenetic Analysis and Hypothesis Testing. Cambridge University Press. Second Edition. 750 p.
McPherson, M.J. and Møller, S.G., 2006. PCR Second Edition. Taylor & Francis Group. Second edition. 292 p.
Medina, M.; Weil, E. and Szmant, A.M., 1999. Examination of the Montastraea annularis species complex using ITS and COI sequences. Mar Biotechnol. Vol. 1, pp: 89-97.
Nylander, J.A.A., 2004. MrModeltest v2. Program distributed by the author. Evolutionary Biology Centre, Uppsala University, Sweden.
Palumbi, S.R.; Martin, A.; Romano, S.; McMillan, W.O.; Stice, L. and Grabowski, G., 1991. The Simple Fool's Guide to PCR, Version 2.0. Privately published, Univ. Hawaii.
Quintero-Galvis, J. and Castro, L.R., 2013. Molecular phylogeny of the Neritidae (Gastropoda: Neritimorpha) based on the mitochondrial genes cytochrome oxidase I and 16S rRNA. Acta biol. Colomb. Vol. 18, pp: 307-318.
Remigio, E.A. and Hebert, P.D.N., 2003. Testing the utility of partial COI sequences for phylogenetic estimates of gastropod relationships. Mol. Phylogent. Evol. Vol. 29, pp: 641-647.
Robin, A., 2008. Encyclopedia of Marine Gastropods, Ed. IKAN Unterwasser Archive, ConchBooks. 480 p.
Rodríguez, F.; Oliver, J.F.; Marín, A. and Medina, J.R. 1990. The general stochastic model of nucleotide substitution. J Theor Biol. Vol. 142, pp: 485-501.
Ronquist, F. and Huelsenbeck, J.P., 2003. MRBAYES3: Bayesian phylogenetic inference under mixed models. Bioinformatics. Vol. 19, pp: 1572-1574.
Sotelo, G.; Morán, P. and Posada, D., 2009. Molecular phylogeny and biogeographic history of the European Maja spider crabs (Decapoda, Majidae). Molecular Phylogenetics and Evolution. Doi:10.1016/j.ympev. 2009.05.009.
Strong, E.E. and Bouchet, P., 2013. Cryptic yet colorful: anatomy and relationships of a new genus of Cerithiidae (Caenogastropoda, Cerithioidea) from coral reef drop-offs. Invertebrate Biology. Vol. 132, No. 4, pp: 326-351.
Swofford, D.L., 2003. PAUP. Phylogenetic Analysis Using Parsimony (and Other Methods). Version 4. Sinauer Associates, Sunderland, Massachusetts.
Tamura, K.; Peterson, D.; Peterson, N.; Stecher, G.; Nei, M. and Kumar, S., 2011. MEGA5: molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods. Molecular Biology and Evolution. Vol. 28, pp: 2731-2739.
Thompson, J.D.; Higgins, D.G. and Gibson, T.J., 1994. CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice. Nucleic Acids Res. Vol. 22, pp: 4673-4680.