بررسی و تحلیل فیلوژنتیکی ناحیه COXI در برخی از نژادهای بز ایرانی

نوع مقاله: تنوع زیستی

نویسندگان

1 گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران

2 مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی استان کرمانشاه، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرمانشاه، ایران

چکیده

DNA میتوکندریایی یکی از گسترده‌ترین نشانگرهای مولکولی برای مطالعات فیلوژنتیک در حیوانات به ­علت ساختار ژنوم ساده آن است.این مطالعه ویژگی‌های ژنتیکی بزهای بومی را با استفاده از تجزیه و تحلیل توالی ( DNA Cytocrome oxidase I (COXI  برای شناسایی و تمایز بین سه نژاد (نجدی، عدنی و مرخز) ایران بررسی می‌کند. استخراج DNA با استفاده از روش بهینه شده نمکی انجام شد و ژن سیتوکروم اکسیداز I به ­روش PCR با یک جفت پرایمر، تکثیر گردید. درخت فیلوژنتیکی با استفاده از نرم­ افزار 6 Mega به‌دست آمد. توالی  COXI از 60 بز دارای تنوع هاپلوتیپی 0/47 و تنوع نوکلئوتیدی 0/0005 بود. تجزیه و تحلیل­ ها به ­کمک رویه Composition برنامه BioEdit نشان داد این توالی برای ناحیه COXI شامل 28/97 درصد نوکلئوتید A و 25/52 درصد نوکلئوتید C و 15/86 درصد نوکلئوتید G و 66/29 درصد نوکلئوتید T می‌باشد که نسبت C+G، چهل و دو درصد و A+T، پنجاه و هشت درصد است. ارتباط تکاملی به ­وسیله درخت فیلوژنتیک نمایش داده شد.درخت فیلوژنی نشان داد که بزهای ایرانی در یک شاخه جداگانه خوشه‌بندی شده است. این نتیجه به ­طور گسترده از توزیع جغرافیایی این نژاد‌ها در ایران پیروی می­ کند و می تواند در طراحی برنامه‌های حفاظت و مدیریت نژادهای بز ایرانی مورد استفاده قرار گیرد.
 

کلیدواژه‌ها


  1. آلبوشوکه، س.ن.؛ طهمورث‌ پور، م. و نصیری، م.ر.، 1395.شناسایی و توالی­ یابی ژن MT-COX1 در مرغ بومی خراسان. ژنتیک در هزاره سوم. جلد ۱۲، شماره ۲، صفحات ۳۵۲۰ تا ۳۵۲۷.
  2. توکلیان، ج.، 1378. نگرشی بر ذخایر ژنتیکی دام و طیور بومی ایران. موسسه تحقیقات علوم دامی کشور. صفحه 451.
  3. عباسی­ دلویی، ط.؛ سخاوتی، م.ه. و طهمورث­ پور م.، 1394. تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی و فیلوژنتیکی ژن  COX۳ میتوکندری شترهای تک­ کوهانه و دوکوهانه ایران. پژوهش ­های علوم دامی ایران.  جلد ۸. شماره ۲. صفحات 361-369.
  4. لولایی، ف.، 1379. بررسی تنوع ژنتیکی ماهی Barbus capitoدر استان‌های مازندران و گیلان. پایان­ نامه کارشناسی ­ارشد. دانشگاه تربیت مدرس. صفحه 69.
  5. هوشمند، م. 1384. ژنوم میتوکندری. چهارمین همایش ملی بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران، کرمان.  صفحه 124.
  6. Bradley, D.G.; MacHugh, D.E.; Cunningham, P. and Loftus, R.T., 1996. Mitochondrial diversity and the origins of African and European cattle. National Academi of Science. USA. Vol. 93, pp: 5131-5135.
  7. Bruford, M.; Bradley, D. and Luikart, G., 2003. DNA markers reveal the complexity of livestock domestication. National Academi of Science. Vol. 3, pp: 900-910.
  8. Davidzon, G. and Dimauro, S., 2005. Mitochondrial DNA and disease. Annals of medicine. Vol. 37, pp: 222-232.
  9. Graff, C., 1999. Mitochondrial medicine-recent advances. Journal of Internal Medicine. Vol. 246, pp: 11-23.
  10. Hiendleder, S.; Lewalski, H.; Wassmuth, R. and Janke, A., 1998. The complete mitochondrial DNA sequence of the domestic sheep (Ovis aries) and comparison with the other major ovine haplotype. Molecular Biology and Evolution. Vol. 47, pp: 441-448.
  11. Hiendleder, S.;Kaupe, B. and Janke,A.,2002. Molecular analysis of wild and domestic sheep questions curret nomen clature and provides evidence for domestication from two different subspecies. Royal society. Vol. 69, pp: 893-904.
  12. Liu, R.Y.; Lei, C.Z. and Yang, G.S., 2006. The Genetic diversity of mtDNA D-loop and the origin of Chinese goats. Acta Genetica Sinica. Vol. 33, No. 5, pp: 420-428.
  13. Javanrouh, A.A.; Khodamoradi, S. and Seyedabadi, H.R., 2016. D-loop region sequence genetic diversity phylogenetic evolution in sheep. Online Journal of Veterinary Research.  Vol. 20, No. 5, pp: 353-361.
  14. Seyedabadi, H.R.; Pahlevan Afshari, K.and Abdulmaleki, A., 2016. Mitochondrial diversity and phylogenetic structure of Markhoz goat population. Irainaian Journal of Applied Animal Science. Vol. 6, No. 3, pp: 679-684.
  15. Zhang, Z.H.; Gong, Y.F.; Liu, Z.Z.; Jia, Q. and Wang, L.Z., 2006. The polymorphism of mtDNA D-loop of Chinese sheep breeds. Department of Animal Science and Technology. Vol. 28, pp: 165-170.