تخمین ساختار تنوع، تنگنای ژنتیکی سه جمعیت گوسفند بومی کشور عراق با استفاده از نشانگرهای میکروساتلایت

نوع مقاله : مقاله پژوهشی

نویسندگان

1 علوم دامی/ اصلاح نژاد دام وطیور

2 گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز

3 دانشگاه تبریز

10.22034/aej.2020.249143.2355

چکیده

هدف از پژوهش حاضر، تخمین شاخص‌های مولکولی، ساختار ژنتیکی، تنوع و تنگنای ژنتیکی در سه جمعیت گوسفند بومی عراق (عواسی، نعیمی و عرابی ) می‌باشد. بدین منظور، از تعداد 12 جایگاه میکروساتلایت با توزیع استقرارکروموزمی (1، 2، 5، 9 و 14 ) وطبق توصیه فائو و انجمن ژنتیک جهانی استفاده شد. تعداد 60 نمونه خون کامل حیوان (نر و ماده ) بصورت تصادفی از جمعیت های مربوطه در استان های کربلا، نجف و بابل تهیه شد. استخراج DNA، تعیین کمیت وکیفیت، واکنش زنجیره پلی مراز و الکتروفورز با روش‌های متداول رایج انجام شد. از روش Allele Binning نیز برای تصحیح ژنوتیپ‌ها و به حد اقل رساندن خطای قرائت ژنوتیپ استفاده شد. تعداد بیش از 9 نوع شاخص آماری مولکولی ( فروانی اللی، تعداد آلل‌های مشاهده شده و مورد انتظار، هتروزایگوستی مشاهده شده و مورد انتظار، محتوای چند شکلی، ضریب رایت، شاخص شانون، شاخص‌های آماره F و فاصله ژنتیکی و وضعیت باتلنگ ) بررسی شد. نتایج در دو بخش بررسی مطلوبیت جایگاه میکروساتلایت و ارزیابی تنوع ژنتیکی درون و بین جمعیتی ارائه شد. نتایج بخش اول نشان داد که بیشترین پلی مورفیسم در نشانگرهای OarFCB226 و TGLA13 و بقیه کمترین پلی مورفیسم را ایجاد می‌کند. نتایج بخش دوم نشان داد که به ترتیب نژاد عواسی و عرابی بیشترین وکمترین تنوع را دارد. بیشترین فاصله ژنتیکی بین دو نژاد عرابی و نعیمی و کمترین بین نعیمی وعواسی بود. منحنی L-Shape باتلنک نشان داد که جمعیت‌های مورد مطالعه در تنگنای ژنتیکی قرار دارند.

کلیدواژه‌ها

موضوعات


عنوان مقاله [English]

Estimation of Diversity Structure, Genetic Bottleneck of Three Iraqi Sheep Breeds using Microsatellite Markers

نویسندگان [English]

  • Hayder Alnajm 1
  • sadegh alijani 1
  • Arash Javanmard 2
  • Abbas Rafat 2
  • Karim Hasanpur 3
1 Department of Animal Science, Faculty of Agriculture, University of Tabriz,
2 Department of Animal Science, Faculty of Agriculture, Tabriz
3 Department of Animal Science, Faculty of Agriculture, University of Tabriz,
چکیده [English]

The aim of the present study was to estimate the molecular characteristics, structure, genetic diversity and genetic bottlenecks in the three sheep populations native to Iraq (Awassi, Naaimi, and Arabi). For this purpose, 12 microsatellite loci with chromosomal distribution distributions (1, 2, 5, 9 and 14) were used according to the recommendations by FAO and the International Society for Animal Genetics (ISAG). Sixty samples of whole animal blood (both sexes) were randomly collected from the relevant populations in Karbala, Najaf and Babel provinces. The genomic DNA extraction, quality and quantity, preparation of PCR, was done accordingly based on standard methods. After observation of raw genotype per investigated loci, allele binning was done for minimizing genotyping errors. More than 9 types of molecular statistical indices (allele frequencies, observed and effective number of alleles, observed and expected heterozygosity, PIC, Wright coefficient, Shannon index, F-statistical indices, genetic distance and the bottleneck) Checked out. The results were presented in two parts: evaluation of microsatellite loci utilization and evaluation of genetic diversity within and between the population. The results of the first part showed that the highest polymorphism was observed in OarFCB226 and TGLA13 markers and the rest had the lowest polymorphism. The results of the second part showed that the Awaasi and Arabi breed have the highest and lowest diversity, respectively. The highest genetic distance was between Arabi and Naaimi breeds and the smallest was between Naaimi and Awassi breeds. Furthermore, bottleneck L-Shape curve showed that the studied populations are in a genetic predicament

کلیدواژه‌ها [English]

  • genetic diversity
  • Microsatellite markers
  • native Iraqi sheep