شناسایی مولکولی اویستر جنس Saccostrea در سواحل شمالی خلیج فارس با استفاده از ژن COI میتوکندری

نوع مقاله : ژنتیک

نویسندگان

1 گروه بیولوژی دریا، دانشکده علوم دریایی و اقیانوسی، دانشگاه علوم و فنون دریایی خرمشهر، خرمشهر، ایران

2 گروه شیلات و بیولوژی دریا، پژوهشکده خلیج فارس، دانشگاه خلیج فارس، بوشهر، ایران

چکیده

اویسترهای صخره ­ای به ­طور وسیعی  در سراسر دنیا گسترده شده­ اند، با وجود این تا کنون شناسایی و طبقه ­بندی آن ­ها به­ دلیل تغییر پذیری زیاد ریخت­ شناسی پوسته که متکی به ریخت­ شناسی موجودات است، مشکل می­ باشد و در اکثر موارد با خطا همراه است. برخلاف رده­ بندی که متکی به ریخت­ شناسی موجودات می ­باشد، روش ­های مولکولی می ­تواند به شناسایی و طبقه ­بندی گونه ­هایی که از نظر ریختی دارای ساختارهای مشابه می باشند کمک کند. در این تحقیق تعداد 15 نمونه اویستر صخره­ ای غالب، از مناطق جزر و مدی شمال خلیج فارس به ­منظور شناسایی مولکولی جمع آوری شدند. شناسایی بر اساس ریخت­ شناسی تا حد جنس (Saccostrea) تعیین گردید. استخراج DNA از بافت ماهیچه با استفاده از روش  CTAB انجام گرفت. توالی نوکلئوتیدهای زیر واحد 1 ژن سیتوکروم اکسیداز (COΙ) بررسی شد. توالی­ های نمونه ­های مورد مطالعه با توالی 16 گونه دیگر موجود در بانک ژن از طریق ترسیم درخت فیلوژنی مقایسه شد. بررسی فیلوژنی از طریق آنالیز Neibour joining نشان داد نمونه های بررسی شده، گونه خواهری S. mordax ماداگاسکار در اقیانوس هند است و با S. mordax دیگر مناطق در دو کلاد جدا قرار گرفته­ اند. با توجه به نتایج این پژوهش، می­ توان گفت بر اساس توالی­ یابی ژن COI، گونه مذکور احتمالاً Saccostrea mordax می­ باشد که در این صورت برای اولین بار در این منطقه گزارش شده است.

کلیدواژه‌ها

عنوان مقاله [English]

Molecular phylogeny of rocky oyster (Saccostrea) in the northern part of Persian Gulf

نویسندگان [English]

  • Ali Fakhri 1
  • Seyed Mohammad Bagher Nabavi 1
  • Seyed Javad Hoseini 2
  • Hossein Zolgharnein 1
  • Bita Archangi 1
1 Department of Marine Biology, Faculty of Marine Science and Oceanography, Khorramshahr University of Marine Science and Technology, Khorramshahr, Iran
2 Department of Fisheries and Marine Biology, Biotechnology group of Persian Gulf Institute, Persian Gulf University, Bushehr, Iran
چکیده [English]

Although rocky oysters are widespread throughout the world, they are still difficult to identify and classify due to their high levels of plasticity. Unlike morphological classification, molecular methods can help identify and classify species whose morphological characteristics are misleading. In this study, 15 dominant rocky oyster specimens were collected from intertidal areas of northern part of Persian Gulf to investigate the gene sequence. DNA was extracted from muscle tissue using CTAB (Hexade cyl trime thyl ammonium bromide) method. Sequences of unit 1 nucleotides of cytochrome oxidase gene (COI) were examined. The sequences of the studied samples were compared with the sequences of eight other species in the gene bank by phylogenetic tree mapping. The percentage of Bootstrap endemic to Saccostrea mordax is located in a clade, indicating that the COI sequence is suitable for identifying the species of Saccostrea oistre, and this species has also been reported for the first time in this area.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Molecular phylogeny
  • Rocky oyster
  • Persian Gulf
  • COΙ

مراجع

  1. حسین­ زاده ­صحافی، ه.؛ رامشی، ح. و دقوقی، ب.، 1396. موسسه تحقیقات علوم شیلاتی کشور. 248 صفحه.
  2. رضایی، ح.، 1374. بررسی پراکنش نرم­تنان در آب­های کم­عمق پیرامون برخی از جزایر ایرانی خلیج ­فارس. گزارش نهایی موسسه تحقیقات شیلات ایران. 162 صفحه.
  3. سرمدیان، س.، 1393. بررسی بیان ژن متالوتیونین به ­عنوان بیومارکر مواجهه با کادمیوم در صدف Crassostrea sp. رساله دکترای تخصصی. دانشگاه علوم و فنون دریایی خرمشهر. 110 صفحه.
  4. میرزا، ر.؛ عضدی، م.؛ توسل­ پور، ا. و وزیری­ زاده، ا.، 1394. ارزیابی نرخ فیلتراسیون دوکفه ای Barbatia hellblingii  و Saccostrea cucullata  در امکان­ سنجی جهت پایشگر زیستی سواحل خلیج فارس. مجله علوم و فنون دریایی ایران. دوره 14، شماره 1، صفحات 11 تا 20.
  5. میرزا، ر.؛ فخری، ع.؛ فقیری، ا. و  عظیمی، ع.، 1392.  بررسی نسبت نیکل و وانادیوم ناشی از آلودگی­ های نفتی در رسوبات و صدف صخره­ ای (Saccostrea cucullata) در سواحل استان بوشهر، خلیج فارس. نشریه اقیانوس­ شناسی. دوره 4 ، شماره  14 ، صفحات 35 تا 43.
  6. یوسفی ­سیاه ­کلرودی، س.؛ وثوقی، غ. و رضایی، س.، 1384.بررسی مولکولی جمعیت صدف­ های خوراکی Saccostrea cucullata در سواحل شمالی خلیج فارس و دریای عمان. پژوهش و سازندگی در امور دام و آبزیان. دوره 17، شماره 1، صفحات 2 تا 7.
  7. Banks, M.A.; McGoldrick, D.J.; Borgeson, W. and Hedgecock, D., 1994. Gametic incompatibility and genetic divergence of Pacific and Kumamoto oysters, Crassostrea gigas and C. sikamea. Marine Biology. Vol. 121, No. 1, pp: 127-135.
  8. Bosch, D.T.; Dance, S.P.; Moolenbeek, R.G. and Oliver, P.G., 1995. Seashells of eastern Arabia. Dubai Motivate publishing 18735446429781873544648.
  9. Dumbauld, B.R.; Kauffman, B.E.; Trimble, A.C. and Ruesink, J.L., 2011. The Willapa Bay oyster reserves in Washington State: fishery collapse, creating a sustainable replacement and the potential for habitat conservation and restoration. Journal of Shellfish Research. Vol. 30, No. 1, pp: 71-83.
  10. Folmer, O.; Black, M.; Hoeh, W.; Lutz, R. and Vrijenhoek, R., 1994. DNA primers for amplification of mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I from diverse metazoan invertebrates. Molecular Marine Biology and Biotechnology. Vol. 3, pp: 294-299.
  11. Guo, X.; Li, C.; Wang, H., and Xu, Z., 2018. Diversity and Evolution of Living oysters. Journal of Shellfish Research. Vol. 37, No. 4, pp: 755-771.
  12. Huber, M., 2010. Compendium of bivalves. A Full-color Guide to 3,300 of the World’s Marine Bivalves. A Status on Bivalvia after 250 Years of Research. ConchBooks, Hackenheim, Germany. 901 p.
  13. Kemp, W.M.; Boynton, W.R.; Adolf, J.E.; Boesch, D.F.; Boicourt, W.C.; Brush, G.; Cornwell, J.C.; Fisher, T.R.; Glibert, P.M.; Hagy, J.D. and Harding, L.W., 2005. Eutrophication of Chesapeake Bay: historical trends and ecological interactions. Marine Ecology Progress Series. Vol. 303, pp: 1-29.
  14. Kumar, S.; Stecher, G. and Tamura, K., 2016. MEGA7: molecular evolutionary genetics analysis version 7.0 for bigger datasets. Molecular Biology and Evolution, pp: 1870-1874.
  15. Lam, K. and Morton, B., 2006. Morphological and mitochondrial-DNA analysis of the Indo-West Pacific rock oysters (Ostreidae: Saccostrea species). Journal of Molluscan Studies. Vol. 72, No. 3, pp: 235-245.
  16. Lavery, S.; Chan, T.Y.; Tam, Y.K. and Chu, K.H., 2004. Phylogenetic relationships and evolutionary history of the shrimp genus Penaeus sl derived from mitochondrial DNA. Molecular Phylogenetics and Evolution. Vol. 31, No. 1, pp: 39-49.
  17. Liu, J.U.N.; Li, Q.I.; Kong, L.; Yu, H. and Zheng, X., 2011. Identifying the true oysters (Bivalvia: Ostreidae) with mitochondrial phylogeny and distance‐based DNA barcoding. Molecular ecology resources. Vol. 11, No. 5, pp: 820-830.
  18. Porebski, S.; Bailey, L.G.; and Baum, B.R., 1997. Modification of a CTAB DNA extraction protocol for plants containing high polysaccharide and polyphenol components. Plant molecular biology reporter. Vol. 15, No. 1, pp: 8-15.
  19. Quayle, D.B., 1988. Pacifi c oyster culture in British Columbia. Canadian Bulletin of Fisheries and Aquatic Science. pp: 218-241.
  20. Seilacher, A.; Matyja, B.A. and Wierzbowski, A., 1985. Oyster beds: morphologic response to changing substrate conditions. In Sedimentary and Evolutionary Cycles. pp: 421-435.
  21. Schindel, D.E. and Miller, S.E., 2005. DNA barcoding a useful tool for taxonomists. Nature. Vol. 435, No. 7038, pp: 17-27.
  22. Thompson, J.D.; Higgins, D.G. and Gibson, T.J., 1994. CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice. Nucleic acids research. Vol. 22, No. 22, pp: 4673-4680.
  23. Wahlberg, N.; Braby, M. F.; Brower, A. Z.; Jong, R.; Lee, M.; Nylin, S., 2005. Synergistic effects of combining morphological and molecular data in resolving the phylogeny of butterflies and skippers. Proceedings of the Royal Society of London Series B-Biological Science. pp: 1577-1586.
  24. Wang, H. and Guo, X., 2008. Identification of Crassostrea ariakensis and related oysters by multiplex species-specific PCR. Journal of Shellfish Research. Vol. 27, No. 3, pp: 481-487.
فصلنامه محیط زیست جانوری
دوره 12، شماره 3
مهر 1399
صفحه 415-420

فایل ها

هم رسانی

ارجاع به این مقاله

آمار