بررسی چند شکلی نواحی اگزون13 و اینترون9 ژن ZFAT و ارتباط آن با صفات ارتفاع بدن در اسب‏ های دوخون استان گلستان

نوع مقاله : مقاله پژوهشی

نویسندگان

گروه ژنتیک و اصلاح نژاد و فیزیولوژی دام، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان، گرگان، ایران

10.22034/aej.2022.354502.2860

چکیده

در این تحقیق، صفات فواصل جدوگاه تا زمین، ناحیه پشت تا زمین، کپل تا زمین، ودم تا زمین در 100 رأس اسب دوخون در سطح استان گلستان که به‏ صورت تصادفی انتخاب شده بودند مورد بررسی قرار گرفت و تاثیر چند شکلی ژن ZFAT بر تغییرات این صفات ارزیابی گردید. برای تهیه نمونه های خون از سیاهرگ گردنی اسب ها به ‏میزان 5 تا 7 میلی‏ لیتر نمونه گیری شد. استخراج DNA از نمونه ها خون به طریق روش نمکی بهینه یافته انجام گردید. پس ازاستخراج DNAو ارزیابی خصوصیات کمی و کیفی آن ها، دو ناحیه اگزون 13شامل قطعه ای به طول 476 و اینترون 9 ژن ZFAT با طول 457 جفت بازی به‏ وسیله واکنش PCR تکثیر شدند. برای تعیین چندشکلی محصولات PCR روش های PCR-RFLP و PCR-SSCP به ترتیب برای بررسی نواحی اینترون 9 واگزون 13 ژن مورد استفاده قرار گرفتند. پس از تشخیص ژنوتیپ‏ ها، تجزیه آماری به‏ منظور بررسی ارتباط ژنوتیپ ‏های مذکور با صفات بیومتری انجام گردید و تجزیه آماری با رویه خطی GLM نرم افزار SAS انجام شد. نتایج مطالعه حاضر نشان داد که ژن ZFAT در ناحیه اینترونی مورد نظر دارای چندشکلی می باشد و بر اساس تعداد و اندازه قطعات هضمی دراین ناحیه ژنی سه ژنوتیپ CT ,TT و CC به ترتیب با فراوانی های 0/81 ، 0/11 و 0/08 مشاهده شدند. هم چنین محاسبات نشان داد فراوانی آللی Tو C به ترتیب 0/86 و 0/14 می باشد. نتایج حاصل از الکتروفورز عمودی محصولات SSCP سه الگوی مختلف باندی را روی ژل پلی اکریل آمید نشان داد که این بیانگر وجود چندشکلی و تنوع ژنتیکی در جایگاه اگزون 13 ژن ZFAT در اسب های دوخون بود. در این تحقیق، مشخص شد در حیوانات مورد مطالعه فراوانی الگوی باندی A ،B و C به ترتیب 0/53، 0/40 و 0/07 بوده است. علی رغم مشاهده چند شکلی در دوناحیه فوق، بین صفات مطالعه شده و انواع ژنوتیپ ها ارتباطی مشاهده نشد و صرف نظر از این موضوع با توجه به گزارشات موثقی که نقش قابل توجه این جایگاه ژنی را بر ارتفاع بدن اسب نشان می دهد پیشنهاد می گردد در تحقیقات آتی همراه با سایر جایگاهای ژنی ارتباط این جایگاه نیز با صفات اقتصادی شامل اندازه های بدنی مورد مطالعه قرار گیرد.

کلیدواژه‌ها

موضوعات

عنوان مقاله [English]

Genetic diversity of exon 13 and Intron 9 in Zfat gene and its association with height traits in crossbred horses of Golestan province

نویسندگان [English]

  • Mobina Hoseini atrachali
  • Mojtaba Ahani Azari
  • Aria Saedi
Department of Genetics and Breeding and Animal Physiology, Gorgan University of Agricultural Sciences and Natural Resources, Gorgan, Iran
چکیده [English]

In this research, the characteristics of the distance from the withers to the ground, the back to the ground, the head to the ground, and the tail to the ground in 100 thoroughbred horses in Golestan province, which were randomly selected, and the effect of the ZFAT gene polymorphism on diversity of these traits were evaluated. To prepare blood samples, 5 to 7 ml was taken from the jugular vein of horses. DNA extraction from blood samples was done through the optimized saline method. After extracting DNA and evaluating their quantitative and qualitative characteristics, two regions of exon 13, including a fragment of 476 bp and intron 9 of ZFAT gene with a length of 457 bp, were amplified by PCR. To determine the polymorphism of PCR products, PCR-RFLP and PCR-SSCP methods were used to study regions of the gene. After identification of the genotypes, statistical analysis was performed to check the relationship between the mentioned genotypes and biometric traits, and the statistical analysis was performed with the linear GLM procedure of SAS software. The results of the present study showed that the ZFAT gene was polymorph in the intronic region and based on the number and size of digestive fragments in this gene region, three genotypes CT, TT and CC were observed with frequencies of 0.81, 0.11 and 0.08 respectively. Also, the calculations showed that the frequencies of T and C alleles are 0.86 and 0.14, respectively. The results of vertical electrophoresis of SSCP products showed three different band patterns on polyacrylamide gel, which indicated the existence of polymorphism and genetic diversity in exon 13 of ZFAT gene in thoroughbred horses. In this research, it was found that the frequency of band patterns A, B and C was 0.53, 0.40 and 0.07 respectively in the studied animals. Despite the observation of polymorphism in the above two areas, no association was observed between the studied traits and the types of genotypes, and regardless of this issue, considering the reliable reports that show the significant role of this locus on the height traits of the horse, it is suggested in the future researches, along with other gene loci, association of this gene with economic traits, including body size should be studied.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Crossbred
  • horse
  • Zfat
  • biometric trait
  • speed

مراجع

  1. 1.              Ebrahimpour, M. and Rezainejad, Y., 2005. Horse Breeding, Isfahan University of Technology Publications. (In Persian)

    2.              Jadhaj, M., Yousefi Siahkalroodi, S. and Zare Karizi, S., 2020. Study on MSTN Gene Polymorphism in Iranian Arab Horses. Journal of Animal Environment. 12(4): 49-56. (In Persian)

    3.              Qarehbash, A.M., 2015. The role of horse breeding in the development of tourism and job creation in Golestan province, Proceedings of the Second National Conference on Macroeconomics. Iran, Gonbad Kavos University. 1-5. (In Persian)

    4.              Golshan, A. and Rajabi, S., 2005. Introducing the Turkmen horse in Iran. Pajvak Keyvan Publications. (In Persian)

    1. Fernandes, T.J., Souza, F.A., Ribeiro, R.A., Cunha, F.O., Meirelles, S.L., Moura, R.S. and Muniz, J.A., 2020. Growth curve for height at withers and body length of Mangalarga Marchador horses. Ciência Rural. 50(12): 1-8.
    2. Huang, H.L., Huang, I.Y., Lin, C.Y. and Huang, M.C., 2013. Effective strategies for identifying novel genetic markers based on DNA polymorphisms. Journal of Molecular Biomarkers & Diagnosis. 5(1): 1000156.
    3. Lango Allen, H., Estrada, K., Lettre, G., Berndt, S.I., Weedon, M.N., Rivadeneira, F., Willer, C.J., Jackson, A.U., Vedantam, S., Raychaudhuri, S. and Ferreira, T., 2010. Hundreds of variants clustered in genomic loci and biological pathways affect human height. Nature. 467(7317): 832-938.
    4. Makvandi-Nejad, S., Hoffman, G.E., Allen, J.J., Chu, E., Gu, E., Chandler, A.M., Loredo, A.I., Bellone, R.R., Mezey, J.G., Brooks, S.A. and Sutter, N.B., 2012. Four loci explain 83% of size variation in the horse. PLoS One. 7(7): e39929.
    5. Metzger, J., Schrimpf, R., Philipp, U. and Distl, O., 2013. Expression levels of LCORL are associated with body size in horses. PloS one. 8(2): e56497.
    6. Signer-Hasler, H., Flury, C., Haase, B., Burger, D., Simianer, H., Leeb, T. and Rieder, S., 2012. A genome wide association study reveals loci influencing height and other conformation traits in horses. PloS one. 7(5): e37282.
    7. Staiger, E.A., Al Abri, M.A., Pflug, K.M., Kalla, S.E., Ainsworth, D.M., Miller, D., Raudsepp, T. and Sutter, N.B., 2016. Brooks SA. Skeletal variation in Tennessee Walking Horses maps to the LCORL/NCAPG gene region. Physiological genomics. 48(5): 325-335.
    8. Takeuchi, F., Nabika, T., Isono, M., Katsuya, T., Sugiyama, T., Yamaguchi, S., Kobayashi, S., Yamori, Y., Ogihara, T. and Kato, N., 2009. Evaluation of genetic loci influencing adult height in the Japanese population. Journal of human genetics. 54(12): 749-752.
    9. Tsunoda, T., Takashima, Y., Tanaka, Y., Fujimoto, T., Doi, K., Hirose, Y., Koyanagi, M., Yoshida, Y., Okamura, T., Kuroki, M. and Sasazuki, T., 2010. Immune-related zinc finger gene ZFAT is an essential transcriptional regulator for hematopoietic differentiation in blood islands. Proceedings of the National Academy of Sciences. 107(32): 14199-14204.
    10. Yeh, F.C., Yang, R.C., Boyle, T. and Mao, J.X., 1999. PopGene: Microsoft Window-based freeware for population genetic analysis, version 1.31. University of Alberta: Edmonton, Canada.
فصلنامه محیط زیست جانوری
دوره 15، شماره 3
آبان 1402
صفحه 49-54

فایل ها

هم رسانی

ارجاع به این مقاله

آمار