شناسایی هاپلوگروه های مادری جمعیت اسب های استان اردبیل با استفاده از ناحیه کنترل ژنوم میتوکندریایی

نوع مقاله: تنوع زیستی

نویسندگان

1 گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران

2 گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی مغان، دانشگاه محقق اردبیلی، مغان، ایران

چکیده

حفظ نژادهای بومی از اهداف مهم اصلاح نزادی محسوب می‌شود و جهت شناسایی ساختار ژنتیکی جمعیت باقی ­مانده اساس حفظ نژادی است. لذا این پژوهش با هدف بررسی ساختار ژنتیکی اسب ­های استان اردبیل و مقایسه با دیگر نژادهای خارجی با استفاده از ناحیه کنترل (D- loop) ژنوم میتوکندریایی انجام گرفت. جهت انجام آزمایش DNA ژنومی استخراج و مستقیماً پس از تکثیر 430 جفت بازی از ناحیه کنترل با استفاده از روش سنگر از 100 رأس اسب بومی مربوط به استان اردبیل توالی ­یابی گردید. آنالیز توالی‌ها منجر به شناسایی 43 جایگاه چندشکلی شد که منجر به ایجاد  40 هاپلوتیپ مختلف گردید که براساس هاپلوگروه ­های شناسایی شده در 9 هاپلوگروه (A،B ،C ، G ،I ،L ،M ،P  و Q) قرار گرفتند. مقدار تنوع نوکلئوتیدی، تنوع هاپلوتیپ و  Dتاجیما در اسب­ های بومی استان اردبیل به ­ترتیب 0/02412، 0/877 و 0/571- به ­دست آمد. میزان تاجیما انحراف معنی‌داری را نشان نداد. نتایج این مطالعه نشان داد که خط مادری در اسب­ های اردبیل از تنوع بالایی برخوردار است.

کلیدواژه‌ها


  1. صارمیان ­فر، م.؛ موحدی، ا.؛ رافعی ­بروجنی، م. و نجفی، م.، 1393. تأثیر آموزش مهارت­ های اسب سواری بر تعاملات اجتماعی کودکان دارای اختلالات طیف اوتیسم. نشریه رفتارحرکتی. شماره 21، صفحات 23 تا 46.
  2. شرقی، ق. و نوروزیان، م.ع.، ۱۳۸۹. اصول پرورش اسب. انتشارات نوربخش تهران.
  3. Achilli, A.; Olivieri, A.; Soares, P.; Lancioni, H.; Kashani, B.H.; Perego, U.A. and Felicetti, M., 2012. Mitochondrial genomes from modern horses reveal the mhaplogroups that underwent domestication. Proceedings of the National Academy of Sciences. Vol. 109, pp: 2449-2454.
  4. Alakbarl, F., 2016. Horses of Azerbaijan a Historical Survey Baku. AAMH41 P.
  5. Bandelt, H.J.; Forster, P. and Rohl, A., 1999. Median joining networksfor inferring intraspecific phylogenies. Molecular Biology and Evolution. Vol. 16, pp: 37-48.
  6. Bowling, A.T.; Del Valle, A. and Bowling, M., 2000. A pedigree‐based study of mitochondrial d‐loop DNA sequence variation among Arabian horses. Animal Genetics. Vol. 31, pp: 1-7.
  7. Cardinali, I.; Lancioni, H.; Giontella, A.; Capodiferro, M.; Capomaccio, S.; Buttazzoni, L.; Biggio, G.; Cherchi, R.; Albertini, E.; Olivieri, A.; Cappelli, K.; Achilli, A. and Silvestrelli, M., 2016. An Over view of ten Italian horse breeds through mitochondrial DNA. PLoSONE. Vol. 11, pp: e0153004.
  8. Fotovati, A., 2000. Persian horse breeds from ancient time to present and their rules in development of world horse breeds. Asian Australasian Journal of Animal Science. Vol. 13, pp: 401-401.
  9. Gaur, U.; Tantia, M.S.; Mishra, B.; Bharani Kumar, S.T.; Vijh, R.K. and Chaudhury, A., 2018. Mitochondrial D-loop analysis for uncovering the population structure and genetic diversity among the indigenous duck (Anas platyrhynchos) populations of India. Mitochondrial DNA Part A. Vol. 29, No. 2, pp: 212-219.
  10. Głażewska, I., 2010. Speculations on the origin of the Arabian horse breed. Livestock Science. Vol. 129, pp: 49-55.  
  11. Głażewska, I.; Wysocka, A.; Gralak, B.; Prus, R. and Sell, J., 2007. A new view on dam lines in Polish Arabian horsesbased on mtDNA analysis. Genetics Selection Evolution. Vol. 39, No. 5, 609 p.
  12. Hedayat Evrigh, N.; Omri, M.; Boustan, A.; Seyedsharifi, R. and Vahedi, V., 2018. Genetic Diversity and Structure of Iranian Horses' Population Based on Mitochondrial Markers. Journal of Equine Veterinary Science. Vol. 64, pp: 107-111.
  13. Hill, E.W.; Bradley, D.G.; Al‐Barody, M.; Ertugrul, O.; Splan, R.K.; Zakharov, I. and Cunningham, E.P., 2002. History and integrity of thoroughbred dam lines revealed in equine mtDNA variation. Animal genetics, Vol. 33, No. 4, pp: 287-294.
  14. Kefena, E.; Dessie, T.; Tegegne, A.; Beja-Pereira, A.; Kurtu, M.Y.; Rosenbom, S. and Han, J.L., 2014. Genetic diversity and matrilineal genetic signature of native Ethiopian donkeys inferred from mitochondrial DNA sequence polymorphism. Livestock Science. Vol.167, pp: 73-79.
  15. Khanshour, A.M. and Cothran, E.G., 2013. Maternal phylogenetic relationships and genetic variation among Arabian horse populations using whole mitochondrial DNA D-loop sequencing. BMC Genetics. Vol. 14, 83 p.
  16. Lai, S.J.; Liu, Y.P.; Liu, Y.X.; Li, X.W. and Yao, Y.G., 2006. Genetic diversity and origin of Chinese cattle revealed by mtDNA D-loop sequence variation. Molecular phylogenetics and evolution. Vol. 38, No. 1, pp: 146-154.
  17. Moridi, M.; Masoudi, A.; Vaez Torshizi, R. and Hill, E., 2013. Mitochondrial DNA D‐loop sequence variation in maternal lineages of Iranian native horses. Animal Genetics. Vol. 44, No. 2, pp: 209-213.
  18. Outram, A.K.; Stear, N.A.; Bendrey, R.; Olsen, S.; Kasparov, A.; Zaibert, V.; Thorpe, N. and Evershed, R.P., 2009. The earliest horse harnessing and milking. Science. Vol. 323, pp: 1332-1335.
  19. Rozas, J.; Librado, P.; Sanchez-Delbarrio, J.; Messeguer, X. and Rozas, R., 2009. DnaSP 5.10. 00. Universitat de Barcelona, Spain.
  20. Takasu, M.; Ishihara, N.; Tozaki, T.; Kakoi, H.; Maeda, M. and Mukoyama, H., 2014. Genetic diversity of maternal lineage in the endangered Kiso horse based on polymorphism of the mitochondrial DNA D-loop region. Journal of Veterinary Medical Science. Vol. 76, pp: 1451-1456.
  21. Tamura, K.; Peterson, D.; Peterson, N.; Stecher, G.; Nei, M. and Kumar, S., 2011. MEGA5: molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods. Molecular Biology and Evolution. Vol. 28, pp: 2731-2739.
  22. Warmuth, V.; Eriksson, A.; Bower, M.A.; Barker, G.; Barrett, E.; Hanks, B.K. and Soyonov, K., 2012. Reconstructing the origin and spread of horse domestication in the Eurasian steppe. Proceedings of the National Academy of Sciences. Vol. 109, pp: 8202-8206.
  23. Xiao, X.; Yang, S.; Lin, D.; Wang, Y. and Hua, Y., 2016. The complete mitochondrial genome and phylogenetic analysis of Chinese Jianchang horse (Equus caballus). Clon Transgen. Vol. 5, No. 149, 2 p.
  24. Zhang, T.; Lu, H.; Chen, C.; Jiang, H. and Wu, S., 2012. Genetic Diversity of mtDNA d-loop and maternal origin of three Chinese native horse breeds. Asian-Australasian Journal of Animal Sciences. Vol. 25, 921 p.